(一)無產權證房屋不太容易辦理物權變動手續，存在交易風險。無產權證房屋權利人難以如愿行使買賣、抵押、出租、入股等權利，難以物盡其用，導致買受人的合法權利不一定能夠得到有效的保障。(二)房屋拆遷時，無產權證房屋權利人無法獲得如同有產權證房屋價值相當的補償。(三)如果無產權證房屋被認定為違章建筑還將面臨行政處罰和強行拆除。當然，無產權證房屋在現行法律框架內應當得到相應保護。即使無證房屋屬于違章建筑，除法定機關外，任何人不得侵占、毀損或拆除，否則無產權證房屋權利人可以請求返還財產、排除妨礙和賠償損失。(四)無產權證房屋權利人行使房屋權利與鄰人發生糾紛時，應當適用相鄰關系的規定，接受限制和擴張權利。