廈門大學經濟學院淵源于1921年建校初期的商學部，經過90多個春秋的錘煉與洗禮，經濟學科已經成為廈門大學最重要的優勢學科和支柱學科之一。早在上世紀40年代，著名經濟學家、教育家和杰出的社會活動家、擔任廈門大學校長長達19年的王亞南教授就在廈大開創了"中國經濟學"，為中國的經濟學建設做出了具有里程碑意義的貢獻，為本學科奠定了深厚的根基。

1981年9月15日經教育部批準，原廈門大學經濟系升格為廈門大學經濟學院，1982年5月24日舉行成立大會，這是中國大陸重點綜合性大學建立的第一所經濟學院。30多年來，該院一直是中國大陸最重要的經濟學教學與科研基地之一。2005年6月，以教育部人文社科重點基地為基礎、依托于"985工程"二期項目的建設，廈門大學成立了王亞南經濟研究院，為本學科的創新拓展增添了閃亮的增長點，有力地推進本學科走向世界。